信息技术与创意设计学院
信息技术与创意设计学院始建于2002年4月，是清远职业技术学院理工类专业的综合院系之一。开设有计算机网络技术、移动应用开发、动漫设计与制作、电子商务、环境艺术设计等专业，毕业生就业前景好，历届毕业生就业率均在98%以上，现全系在校生2108人。
机电与汽车工程学院
机电与汽车工程学院是清远职业技术学院唯一的工科类学院，也是最大的二级学院。机电与汽车工程学院现有9大专业即：机电一体化技术专业、模具设计与制造技术专业、电子信息工程技术专业、电气自动化技术专业、汽车检测与维修技术专业、汽车技术服务与营销专业、汽车电子技术专业、材料工程技术（现代建材制造方向）专业、市政工程技术专业。
旅游家政与艺术学院
旅游家政与艺术学院致力于为新兴现代服务业领域培养高素质、高技能应用型技术及服务管理人才，现设有旅游管理、音乐表演、学前教育、文秘、家政服务、物业管理等专业，并代管清远市民族歌舞团。其中旅游管理专业是广东省重点建设专业、广东省第三批示范性建设职业院校重点建设专业；音乐表演申报为全国民族文化传承与创新示范专业点；家政服务专业为全省公立院校首先设置的专业，为学院重点专业；现有在校全日制学生1500多人。
外语与经贸学院
外语与经贸学院是清远职业技术学院综合实力最强，最具特色的二级学院，注重外语与专业结合并承担全校公共英语课程。开设有物流管理、会计、国际经济与贸易（中外合作办学）、市场营销、商务英语、电子商务共6个专业，现有全日制专科学生2415人。
食品药品学院
食品药品学院以服务现代经济建设与社会发展为导向，为适应我国现代食品药品行业高速、持续发展需求，开设有食品生物技术、食品质量与安全监管、生物制药技术、药品经营与管理、药物制剂技术、药品质量检测技术、农业技术与管理等7个专业，现有全日制在校生1800余名，已形成集专业教学、技术研发、社会服务于一体的高技能人才培养基地。
护理学院
护理学院具有50年办学历史（前身为省级重点卫生学校—清远市卫生学校），2003年被国家教育部、卫生部共同确定为护理专业技能型紧缺人才培养培训基地，2008年护理技能培训中心被评为广东省示范性实训基地，2009年获得国家中央财政支持的实训基地建设项目。学院师资团队结构合理：专职教师57人，其中正高职称2人，副高职称16人，中级职称24人，双师型教师33人；临床兼职教师39人。开设护理、助产、康复治疗技术、医疗美容技术共4个专业，在校生1600多名。